2η φάση: Αποκλεισμός για Ιωνικό, Πιερικό

Εκτός διοργάνωσης έμεινε και ο Πιερικός, που ηττήθηκε με 2-1 από τη Ζάκυνθο. Συναρπαστικό παιχνίδι στη Νέα Ιωνία του Βόλου, με τον ΠΑΣ Γιάννινα να παίρνει τη νίκη με 2-1 στην παράταση αφήνοντας εκτός συνέχειας τη Νίκη Βόλου.

Αξίζει να σημειωθεί ότι με την ολοκλήρωση του μεγαλύτερου μέρους των αγώνων της 2ης φάσης προέκυψαν και οι αντίπαλοι των ομάδων της Super League στην 4η φάση. Ο κυπελλούχος Ολυμπιακός θα αγωνιστεί με τον Διαγόρα, ενώ ο φιναλίστ Αρης με τον νικητή του ζευγαριού Ατρόμητος-Κορωπί. Ο Παναθηναϊκός θα αντιμετωπίσει την Καβάλα, ενώ η ΑΕΚ τον Ηλυσιακό. Ο ΠΑΟΚ περιμένει τον νικητή του ζευγαριού Μακεδονικός-Αναγέννηση Καρδίτσας και ο Ηρακλής θα αγωνιστεί με την Καστοριά.

Τα αποτελέσματα της 2ης φάσης

Φωκικός-Κέρκυρα 0-1
Πυρσός Γρεβενών-Καλλιθέα 1-4
Ζάκυνθος-Πιερικός 2-1
Κόρινθος-Εθνικός 1-2 παρ.
Ρόδος-Καβάλα 0-1
Δόξα Δράμας-Αγροτικός Αστέρας 1-2 παρ.
Κορωπί-Ιωνικός 3-2 πέν. (κ.α. και παράταση 0-0)
ΠΑΟ Νέων Επιβατών-Ηλυσιακός 3-4 (κ.α. και παράταση 0-0)
Νίκη Βόλου-ΠΑΣ Γιάννινα 1-2 παρ.
Λαμία-Καλαμάτα 2-1 παρ.
Οδυσσέας Αναγέννησης-Εθνικός Αστέρας 0-2
Ηλιούπολη-Απόλλων Καλαμαριάς 3-5 πέν. (κ.α. και παράταση 2-2)
Παναιτωλικός-ΑΣΚ Ολυμπιακός 4-2 πέν. (κ.α. και παράταση 1-1)
Παναχαϊκή-Καστοριά 0-4
Φωστήρας-Ατρόμητος 1-3 παρ.
Βύζας Μεγάρων-Διαγόρας 0-1
Χαϊδάρι-Βέροια 1-4 πέν. (2-2 παράταση)
Μακεδονικός-Αναγέννηση Καρδίτσας2-1

Το πρόγραμμα της 3ης φάσης (24/9)

Ατρόμητος-Κορωπί
Κέρκυρα-ΠΑΣ Γιάννινα

Το πρόγραμμα της 4ης φάσης (29/10, 12/11)

Ζάκυνθος-Πανθρακικός
Καλλιθέα-Ξάνθη
Εθνικός-Πανιώνιος
Καβάλα-Παναθηναϊκός
Αγροτικός Αστέρας-ΟΦΗ
Ηλυσιακός-ΑΕΚ
Λαμία-Πανσερραϊκός
Βέροια-Θρασύβουλος
Εθνικός Αστέρας-Εργοτέλης
Απόλλων Καλαμαριάς-Αστέρας Τρίπολης
Μακεδονικός-ΠΑΟΚ
Παναιτωλικός-Λάρισα
Καστοριά-Ηρακλής
Διαγόρας-Ολυμπιακός
Ατρόμητος ή Κορωπί-Αρης
Κέρκυρα ή ΠΑΣ Γιάννινα-Λεβαδειακός